請求書あと払いでデポジット充当した場合、手数料はどうなりますか？

デポジットから充当された金額分も含め、請求書金額の「全額」が手数料の計算対象となります。

請求書あと払いの手数料は、お支払い方法にかかわらず「ご利用いただいた総額（請求書の額面金額）」に対して発生いたします。デポジットご入金後の不足額（差額）に対して計算されるものではございませんのでご注意ください。

手数料は、差額の70万円に対してではなく、請求書金額である100万円全体に対して発生いたします。